巢湖市第二人民医院始建于1952年，前身为安徽省第六康复医院(俗称三康医院)。1954年5月正式收治病员，收治对象为志愿军、解放军。当时医院，设有门诊部及内、外、五官、口腔、助产、针灸、理疗X光室等科室。
1956年8月巢湖市第二人民医院更名为安徽省慢性病医院。1957年12月成立安徽省立第三医院。1958年8月，省卫生厅决定将省立第三医院下放巢县，正式更名为“巢县人民医院”。1984年1月，县级巢湖市成立，更名为“巢湖市人民医院”。
1995年3月，被安徽省卫生厅授予“二级甲等综合性医院”。1999年7月，巢湖撤地设市，医院整体上划，更名为“巢湖市第二人民医院(正县级)”。2011年8月，随着行政区划调整，医院为合肥市卫生局所属巢湖第二人民医院。2013年医院参加合肥市二级甲等医院复核评审工作，2014年4月16日接到合肥市卫生局通知，经市级专家组评审并经省卫生厅核准，医院顺利通过二级甲等医院复审考核。
巢湖市第二人民医院现为安徽医科大学、皖南医学院、安徽中医药大学、合肥职业技术学院教学医院，巢湖市医疗保险定点单位，设有120急救分中心、中国初级卫生保健基金会健康扶贫工程“宫颈癌筛查基地”。与南京鼓楼医院建立了医疗技术协作体和技术管理培训基地，并加入安徽省立医院网络医院。
巢湖市第二人民医院长期坚持科教兴院、人才强院的发展战略，经过不断发展，医院在儿科、神经内科等一批重点学科的基础上，心内科、普外腔镜手术、泌尿外科、新生儿科、ICU、麻醉科、妇产科等发展迅速，成为本院特色及当地有影响力的学科，2013年9月我院心血管内科被评为合肥市重点特色专科。
巢湖市第二人民医院
地址：安徽省巢湖市居巢区人民路319号
电话：0565-2394367
