甲状腺机能亢进的月经不调很容易治疗。通常采用抗甲状腺药物 (如他巴唑methimazole) 使其甲状腺功能恢复正常后，再可接受放射碘治疗。治疗中必须严密监护以防甲状腺功能低下。
甲状腺功能低下者也存在月经不调，其1/3者伴随高泌乳血征症。大约1％的继发闭经病人是由于甲状腺功能低下，然而45％的病人出现月经过多，其原因是由于不排卵而致功能性子宫出血，这些病人可用甲状腺素替代治疗。
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